이노센트 비너스 대형 허리케인으로인해 지구는 큰 피해를 입게 된다.일본의 군사력을 경계한 아시아 연합은 공격을 시도했지만 일본 팬텀의 글래디에이터의 막강한 공격력 앞에 주저앉게 되고 그 군사력으로 일본은 정부에 저항하는 세력을 없애는데 쓰기 시작한다. 전 팬텀요원인 진과 죠는 비너스라 불리우는 사나를 구하고 그녀를 안전한 곳으로 데려 가려한다. 하지만 그들의 앞을 막는 건 정부뿐만 아니라 해적이라 불리우는 사람들도 있다. 이야기가 진행되면서 해적 선장인 시바도 정부에 반기를 든 인물이었고 진 일행을 도우기 시작하면서 정부와 한판 싸움을 벌인다.